Здание церкви во имя Св. Николая Чудотворца, небесного покровителя моряков, находится в старейшей части города, на территории бывшей Троицкой крепости. Возведена она была в 1778 г. по ходатайству командующего Азовской флотилией и таганрогским портом контр-адмирала Ф.А. Клокачева. Согласно местной легенде, церковь была построена на том месте, где стояла палатка Петра I, когда он в 1696 г. впервые прибыл на мыс Таган-Рог. Поначалу церковь именовалась храмом Николы Морского; она имела каменный фундамент и деревянные стены, выполненные из днищ отслуживших свою службу кораблей.Строительство церкви велось силами моряков в ускоренном темпе – уже в 1779 г. она была освящена. Колокола для церковной звонницы были изготовлены на таганрогском колокольном заводе из переплавленных турецких орудий (один из колоколов в настоящее время находится в Севастополе – так называемый «Туманный колокол»). Долгое время храм оставался деревянным. Лишь в 1845 г. к основному объему пристроили кирпичную колокольню, а в 1866 г. – каменную трапезную. Во время обстрела Таганрога в годы Крымской войны 1855-1856 гг. в церковь попало несколько ядер, одно из которых оставлено в стене колокольни после ее восстановления.В советское время с храма были сняты кресты, вывезены иконы, золоченая церковная утварь. В годы войны полностью сгорела деревянная часть церкви. В конце 1950-х гг. были взорваны и разобраны верхние ярусы колокольни. В разные годы в церкви находились клуб для игры в настольный теннис, автохозяйство, склад и т.д. К середине 1980-х гг. от этого старейшего городского храма сохранились лишь фундаменты, первый ярус полуразрушенной колокольни, стены и перекрытие придела, часть церковной ограды. В 1989 г. храм был полностью восстановлен.В настоящее время здание используется по первоначальному назначению; является объектом культурного наследия регионального значения.
